La chiesa di Sant’Agata si trova di fronte alla parrocchiale di Santo Stefano ed è stata eretta nel 1587 per volontà di Pietro Perrone. 

Dal 1600 al 1648 la chiesa sostituisce l'antica plebana e collegiata di Santo Stefano, centro della Valle per tutto il Basso Medioevo, in parte distrutta, prima del 1578, dalla piena del torrente Cazzola. Nella Visita pastorale del 1599, il Vescovo Archinti ordinava che “quivi si custodisse il SS. Sacramento finchè fosse riparata convenientemente la Chiesa Parrocchiale.”

Prima dell'anno 1587 in questa chiesa era presente solo l’altare dedicato a Sant’Agata, ora cappella di destra. Nel testamento del 27 ottobre 1587, in rogito Carlone, Pietro Perrone obbligava i suoi eredi ad erigere nella chiesa una cappella in onore della Beata Vergine Maria, con altare, dipinto ed ogni necessario arredo sacro per celebrare la Santa Messa.

Nel 1593, al Vescovo Archinti, si presentava con un solo altare, "fatta tutta di novo, senza alcuna pittura".

Nella visita pastorale del Vescovo Carafino del 1627, si sottolinea l’urgenza di riparare il tetto della chiesa “... che se non vien aiuttato vol andar presto à terra, si ristori quanto prima e si radino via quell’indignità che sono state fatte nel muro col carbone, e per l’avvenire si tenghi serrata la Chiesa perché non vi si faccino cose simili, e perché anche non corra qualche pericolo quel fonte battesimale.”

Fino alla visita pastorale del Vescovo Neuroni del 1753 sull’altare maggiore era presente ancora il culto della santa titolare. Infatti nelle visite del Vescovo Neuroni e successivamente del vescovo Mugiasca, degli anni 1768 e 1786, viene ribadito che la cappella maggiore era dedicata alla Madonna dei Dolori, mentre l’unica cappella laterale, che si trovava a destra, era dedicata a sant’Agata.